Certains problèmes médicaux généraux (osseux, sanguins, hormonaux...) peuvent affecter le traitement orthodontique.
Il en est de même de certains traitements médicamenteux
Vous devez informer votre orthodontiste de votre état de santé avant le traitement et de toute modification en cours de traitement.

Les racines de certaines dents peuvent dans certains cas très rares se raccourcir ou se rétrécir pendant le traitement.
Cette résorption (ou rhizalyse) habituellement de faible amplitude, n'a pas de conséquences significatives, mais dans de rares cas elle peut altérer la longévité et/ou la stabilité des dents concernées.
Cet aléa thérapeutique a fait l’objet de nombreuses études scientifiques mais aucune cause évidente (longueur du traitement, type d’appareil utilisé, nature des mouvements dentaires…) n’a pu être clairement incriminée , d’autant que l’on peut en observer chez de patients n’ayant jamais eu de traitement orthodontique.

Exceptionnellement une allergie à un matériau composant l'appareillage orthodontique peut affecter certains patients.
S'il n’est pas possible de réaliser un appareillage similaire avec un matériau non allergisant, ou si le traitement doit être interrompu, il va de soi que le résultat en est affecté.
Les fabricants de matériel orthodontiques mettent aujourd’hui à disposition des praticiens des attaches et des fils sans nickel.

Des troubles des articulations temporo-mandibulaires peuvent apparaître occasionnellement sous forme de petites douleurs et/ou de claquements articulaires, maux de tête, douleurs musculaires du cou....avec ou sans traitement orthodontique. Cependant il arrive que le déplacement des dents produise une instabilité passagère de l'occlusion dentaire favorisant l’ apparition de ces troubles qui disparaissent en général en cours de traitement. Ils peuvent parfois nécessiter un traitement spécifique.
Le cas échéant, il est important de signaler ces troubles dés leur apparition.

Une dent traumatisée par un choc important, subit un dommage au niveau de sa pulpe entraînant la nécrose, nécessitant un traitement canalaire (dévitalisation).
Parfois le dommage subi par la pulpe reste silencieux, et sera révélé ou aggravé par le mouvement orthodontique .
Il s’agit d’une complication très exceptionnelle qui ne compromet pas l’avenir de la dent mais peu en altérer la teinte.

L'os et la gencive qui soutiennent les dents, peuvent être affectés par les mouvements orthodontiques, surtout si préexistent des circonstances favorisantes générales (génétiques) ou locales (défaut d’hygiène) .
L'inflammation de la gencive ou l'atteinte de l'os surviennent particulièrement si la plaque dentaire n'est pas éliminée quotidiennement par un bon brossage.